Русский
Русский
English
Статистика
Реклама

Люди

ГМО-люди будущее биотехнологий уже здесь

12.02.2021 16:06:23 | Автор: admin

Интересно, чем закончатся наши исследования

Кажется, прошлая тема про ГМО-лосося весьма неплохо зашла Хабрачитателям. Пока мы готовим материал по модификации растений, я предлагаю посмотреть не менее интересную тему генная модификация Homo Sapiens. Это очень спорная и холиварная тема, игнорировать которую бесполезно.

Сразу дам несколько тезисов, которые могут показаться спорными, но которые так или иначе надо решать в научном сообществе:

  1. Мы вырождаемся. Каждый год выживают все более слабые особи, которые рожают детей и отягощают генофонд. Это надо чинить.
  2. Простые запреты не помогут. Если эксперименты запретят в Европе, то их выполнит, например, Китай.
  3. На лечении генетических заболеваний мы не остановимся. Рано или поздно подключатся военные со своими суперсолдатами и те, кто хочет более сильных и умных детей с голубыми глазами.

Попробую дать обзор на реально существующие техники вмешательства в генотип людей и заодно разберем, чем нам это грозит.

Что такое генотерапия


Давайте для начала определимся с терминологией. Генотерапия это вмешательство в геном человека с целью лечения тех или иных заболеваний. Причем, вмешательство идет только в соматические клетки. Это те клетки, которые не участвуют в размножении. Нам явно не надо какие-то мутации и багфиксы закреплять в новых поколениях. Пока, по крайней мере.

Реальные эксперименты на животных начались примерно в 1980-х годах, но тогда это были только робкие шаги. Всякого рода красоты вроде ДНК-принтеров, экспрессирующихся векторов для эукариотов у нас не было.

Куда мы реально можем вмешаться?


Плазмиды


Для начала можно не трогать ядро клетки, которое содержит основную генетическую информацию. Можно воспользоваться плазмидами.

1) Хромосомная ДНК бактерии 2) Плазмиды

Плазмиды это почти исключительно бактериальная штука. Иногда встречаются у примитивных грибов и некоторых растений. По сути, это ДНК, но свернутая в кольцо и плавающая отдельно в цитоплазме. То есть такой отдельный механизм для хранения генетического материала. Для бактерий они очень важны для передачи положительных мутаций, например, чтобы рассказать соседям о вариантах защиты от антибиотика. Фишка плазмид при использовании у людей в том, что они разваливаются сами по себе через какое-то время после введения в клетку. А еще они не затрагивают основной генетический аппарат клетки. То есть основную прошивку не затронет.

Патчим kernel


Далее, у нас есть возможность непосредственно отредактировать фрагмент кода в ядре. Это более инвазивная процедура и она уже сопряжена с рисками неточной вставки или вырезания кусочка ДНК. Но это практически единственный вариант радикально починить какой-то тяжелый генетический дефект, так как соматические клетки будут делиться и передавать пропатченную версию ДНК своим потомкам.

Митохондрии


Митохондрии это что-то вроде атомных реакторов в клетке. Потребляют жирные кислоты и глюкозу, а на выходе штампуют макроэрги вещества с высокой энергией связи. Например, АТФ. Это универсальное топливо для всех активных реакций, например для работы осмотических мембранных насосов против градиента концентрации.
У них есть особенность свой собственный генетический аппарат. Собственно, они на полуавтономных симбионтов похожи именно поэтому. Их генетический аппарат имеет смысл править при врожденных мутациях в митохондриальной ДНК. Обычно это тоже очень тяжелые врожденные синдромы.

Вирусный вектор это как шприц


Первый ключевой момент разработка инструментария доставки вирусных векторов. Первый такой вирус для млекопитающих был разработан в 1984 году. В качестве молекулярного шприца использовали мышиный ретровирус. Он сам по себе являлся весьма неприятным инструментом, так как с высокой вероятностью провоцировал онкологические заболевания. Собственно, его второе название murine leukemia virus (MLVs). В дальнейшем разработки перешли на более безопасные варианты.

Что вообще такое вирусный вектор? Это такой специально модифицированный вирус, который срабатывает только один раз. Как шприц. Для этого он должен отвечать нескольким критериям:

Безопасность


Вирусный вектор не должен иметь возможность самопроизвольно размножаться. Для этого у них есть встроенный kill-switch. Их геном изначально так поврежден, что автономно размножаться они не могут. В лабораторной среде они размножаются на культуре клеток только в присутствии незаменимых компонентов и дополнительных вспомогательных вирусов, которые производят часть нужных для сборки белков. То есть в культуральном флаконе лаборатории размножается, а в организме срабатывает один раз, выходит из клетки в полусобранном виде и умирает.

Низкая цитотоксичность


Многие вирусы очень жестоко обращаются с клетками носителя. После фазы инкубации клетка дохнет от истощения и из ее бренных останков во все стороны разлетаются новые вирионы. При этом есть и вирусы, которые особо не влияют на нормальную физиологию клеток, на которых паразитируют. Например, аденовирусы.

Стабильность


Вирусы должны быть генетически стабильны. Например, грипп не подойдет. Он вообще не имеет внятных механизмов контроля четности и ему все равно, что хеш после копирования не сошелся. Это его эволюционная стратегия. Те же коронавирусы, напротив имеют механизмы контроля и репарации, что дает большую стабильность генетического материала. Хотя их не используют как вектор по другим причинам. Таким образом, задача состоит в том, чтобы вирус в процессе своего размножения в биореакторах сохранил тот самый payload полезную нагрузку без изменений.

Специфичность типа клеток


Вирус должен доставить свою нагрузку не абы куда, а точно в конкретный тип клеток. Это значит, что если нам надо вылечить заболевание, связанное с дефектными эритроцитами, то вирус должен очень точно поражать именно мультипотентные стволовые клетки-предшественники клеток крови. И при этом не зацепить, например, мышечную ткань.

Что уже реально делают в плане генотерапии


Первая генетическая коррекция человека была проведена в 1990 году.Четырёхлетняя Ашанти ДеСильва получила лечение от тяжелого генетического дефекта сложного комбинированного иммунодефицита, связанного с недостатком фермента ADA. Надо отметить, что редактировали не геном стволовых клеток, которые производят Т-лимфоциты, а уже взрослые Т-клетки из ее же собственной донорской крови. То есть она нуждалась в повторении этих процедур в дальнейшем. Далее была серия успешных экспериментальных протоколов для лечения SCID (Severe combined immunodeficiency) по схожей методике.

В 1999 году произошел инцидент, который ощутимо затормозил исследования в этой области. Джесси Гелсинджер, страдал от генетического заболевания печени, из-за которого она была неспособна обезвреживать аммиак. Через 4 суток после введения аденовирусного вектора со здоровой копией гена он умер в результате гипериммунного ответа и полиорганной недостаточности. В дальнейшем FDA пришли к выводу о многочисленных нарушениях в протоколе исследования.

В 2006 появились первые сообщения об удачных протоколах индивидуальной генотерапии для лечения онкологии. Т-киллеры программируются на конкретный вид опухоли и затем выпускаются в организм пациента.

В 2011 году признали терапию ВИЧ у пациента Геро Хюттера в 2008 году. Метод не особо применим для широкой аудитории, так как требует полного удаления своего костного мозга, а затем имплантация скорректированных клеток с двойной дельта-32 мутацией, которая отключает рецептор CCR5.

К 2013 году в мире было разрешено всего пять генных препаратов. Три от онкологии, глибера для лечения наследственного дефицита липопротеинлипазы и неоваскулген. Последний, кстати, разработали полностью у нас.

Неоваскулген


image
Результаты лечения Неоваскулгеном.

Этот препарат относится к плазмидным, то есть он не редактирует свой геном клетки, а только доставляет в нее плазмиды, которые работают ограниченное время.

Препарат представляет собой кольцевую ДНК (плазмиду), несущую человеческий ген VEGF 165, кодирующий синтез фактора роста эндотелия сосудов (VEGF Vascular Endothelial Growth Factor). Стимулируя образование и рост коллатеральных сосудов, Неоваскулген призван оказать длительный лечебный эффект и улучшить качество жизни пациентов. Развитие микроциркуляторного русла в ишемизированной ткани нижней конечности способствует насыщению тканей кислородом, заживлению язв, увеличивает дистанцию безболевой ходьбы.

Институт стволовых клеток человека
Механизм действия интересный. Клетки в месте инъекции начинают синтезировать VEGF это фактор роста сосудов. В результате, в этом участке начинает нарастать новая разветвленная капиллярная сеть. Это критично для пациентов с хронической ишемией нижних конечностей из-за диабета и атеросклероза, например. До этого препарата ампутаций было больше. Сейчас его протестировали еще и для использования в стоматологии для приживления имплантов. Генопрепарат смешивают с костным материалом и ушивают. В итоге сосуды быстро прорастают и формируется нужная ткань без отторжения. На кроликах уже точно моделировали при трансплантации фрагментов черепа. Люди на очереди, насколько мне известно.

Zolgensma


image
Спинальная мышечная атрофия заболевание очень мрачное, по клинике отчасти похожее на боковой амиотрофический склероз, которым страдал Хокинг, но имеет другие причины. В результате развития заболевания прогрессирует паралич, который заканчивается смертью из-за невозможности дышать.

Zolgensma это первый лекарственный препарат для генной терапии спинальной мышечной атрофии. Выпускается компанией AveXis (Novartis). Рабочая копия гена SMN вводится с помощью аденоассоциированного вируса (AAV) серотипа 9, AAV9, который способен преодолевать гематоэнцефалический барьер и проникать в клетки пациента. Одна проблема стоит совершенно чудовищных денег. Одна инъекция стоит больше 2,1 миллиона долларов (около 152 миллионов рублей). Но результаты тоже потрясающие. У людей восстанавливается моторная функция и в дальнейшем заболеванием не прогрессирует. По идее, такие дорогостоящие манипуляции должно оплачивать государство. Для отдельных людей стоимость лечения редких заболеваний просто неподъемная.

Что дальше?


Вот тут вопрос очень сложный. Мы действительно накапливаем дефектные гены в популяции. Раньше ребенок с пороком сердца бы просто умер сейчас его спасут и он даст потомство с этим дефектом. Раньше много беременностей не сохранялось сейчас беременных вытягивают с минимальным процентом выкидышей и завершают успешными родами. По сути, мы ломаем механизмы естественной выбраковки популяции. Это правильно и гуманно, но что-то надо делать с накапливающимися мутациями генофонда.

Либо мы придем к зеленым карточкам и разрешениям на размножение, либо научимся надежно и безопасно исправлять генетические аномалии. Было бы круто выкинуть близорукость, системную дисплазию соединительной ткани и кучу других врожденных дефектов. А еще наконец починить этот дурацкий сломанный ген, отвечающий за синтез витамина С из глюкозы, как у всех нормальных млекопитающих.

Вот только дальше нас ждет неизвестное будущее. Больше всего настораживает потенциальное расслоение общества, когда самые богатые слои населения будут модифицировать своих детей на отсутствие сахарного диабета, атеросклероза, а заодно еще и задавить немного миостатин, чтобы выглядели атлетичными без особых усилий. Круто же. Но пугает.

Подробнее..

Перевод 13типовразработчиков,скемяработал

17.04.2021 10:20:32 | Автор: admin

Вы можете любить или ненавидеть их, но вы не можете игнорировать их.

В течение моей профессиональной карьеры я работал с множеством различных типов разработчиков. Мне нравилось работать с некоторыми из них, но в работе с другими я только надеялся закончить проект и больше никогда не работать вместе.

В этой статье я перечислю некоторые типы этих разработчиков.

1.Продавецдыма

Этот тип разработчика всегда что-то кому-то обещает заказчикам, вашим начальникам или другим разработчикам. Но когда что-то действительно нужно сделать, то если он может, он сбегает в другой проект или пытается спихнуть всю работу другим разработчикам. Продавец дыма очень опасен, так как может привести вас к серьёзным проблемам. Он продаёт продукт, который он и не собирается делать, с технологиями, которые никогда не использовал.

Если вы не знаете продавцов дыма, вы подумаете, что они знают всё, о чём говорят и что могут помочь вам. Но скоро вы поймёте, что это ложь и вы не можете рассчитывать на них.

2.Мультизадачныйразработчик

Неплохой разработчик. Обычно этот тип обладает классными техническими навыками, но так занят, что никогда не фокусируется на чём-то одном и вы никогда не можете рассчитывать на него в проекте среднего размера. Получить его внимание довольно тяжело и хотя он иногда имеет блестящие идеи, требуется много усилий, чтобы убедить его что-то закончить.

3.Специалистссертификатами

У меня пока нет большого опыта работы с данным типом разработчика, который всё измеряет своими сертификатами. Я думаю, что необходимо иметь хорошую базу с глубокими знаниями в области вашей работы. Я не против сертификатов. Но в большинстве случаев иметь сертификат, если это не подтверждено реальным опытом, не стоит многого.

Несколько лет назад клиент, которому я разрабатывал программное обеспечение, нанял архитектора программного обеспечения. Роль этого архитектора была в организации и руководстве всеми внешними разработчиками, работающими с клиентом.

Сперва я чувствовал себя хорошо в работе с ним, но вскоре я понял, что всё, что он делает было услышано в решениях других людей и он притворялся, что это были его собственные решения.

В моём случае, я потерял много времени на митингах, в которых он пытался изменить наши методы работы, но это базировалось на идеях, о которых он только читал или слышал, но не использовал на практике.

Конечно, сертификаты или степень в образовании это прекрасно, но только если это подтверждено реальным опытом, иначе вы становитесь разработчиком-теоретиком.

4.Неряшливыйразработчик

Их код беспорядочен и не следует каким-либо хорошим практикам, смешивая все дизайны в одну кучу(если они где-то и прослеживаются).

Я работал с людьми, подобными этому типу. В конце планёрок я обычно спрашивал их есть ли у них какие-либо сомнения насчёт того, о чём мы говорили, потому что я видел, что они делали беспорядочные заметки на кусочке бумаги. Они всегда отвечали мне, что сомнений нет. Через несколько дней они разрабатывали что-то тотально отличное от того, о чём мы договорились на планёрке.

Увасможетбытьмногоключей,чтобыраспознатьнерях:

  • Упорядоченылиихзаметки?

  • Записываютлиони,чтобынезабыть?

  • Приведёнлиихрабочийстолвпорядок?

5.Разработчик-теоретик

Много теории, мало практики. Они всегда говорят остальным разработчикам как делать, но в большинстве случаев сами никогда не используют то, о чём говорят. Когда босс рядом, разработчики-теоретики хвастаются всем, что "знают", но ищут способы уйти с дороги, когда дело доходит до работы.

На одной из моих работ, был такой человек. Он был повсюду, рассказывая как мы могли бы делать вещи, но я редко видел его разрабатывающим что-то. Когда я получил его в напарники, я практически вынужден был объяснять ему как делать что-то.

6.Рядовойразработчик

Наиболее распространённый тип разработчика. Они имеют тенденцию быть средними во всём, что делают и обычно хотят иметь предсказуемые и комфортные задачи в их бэклоге.

7.Боязливыйразработчик

Боязливые разработчики никогда не берут инициативу в свои руки. Они всегда ждут пока вы скажете им как нужно делать и какие технологии использовать или напомните что было сказано на митинге о той части, которую они разрабатывают. И если что-то пойдёт не так, они обвинят вас.

Они тратят много энергии и времени, чтобы не быть обвинёнными, если что-то пойдёт не так, вместо того, чтобы думать как сделать свою работу лучше.

Они всегда выбирают наиболее комфортный для них путь сделать свою работу, даже если есть лучшие альтернативы в решениях.

8.Универсальныйразработчик

Отличный тип разработчика для большинства проектов. Как правило не обладает супер навыками во всём что знает, но может сделать любой проект. От бэкенда до фронтенда.

9.Нарцисс

Обычно имеют огромное эго и плохие командные навыки.

Они хотят, чтобы их рассматривали как лучшего разработчика в команде. Имеют тенденцию переусложнять простые вещи и используют хитроумный код, который более сложен для понимания другими членами команды. Если они ревьювят ваш код, они всегда пытаются отрефакторить и прокомментировать даже там, где это не является необходимым.

В другое время они рассказывает вам что что-то идёт не так и они позаботятся об этом, применяя что-то супергениальное. Но в конечном счёте, они не сдержат своих обещаний и когда начальник спросит у вас почему ваша задача провалилась, они ответит что предупреждали вас, что что-то пошло не так.

Вкратце, нарцисс - это человек, имеющий высокие технические навыки, но склонный усложнять вещи, чтобы выделиться и быть выше других членов команды. С нарциссами тяжело работать.

10.Одержимыйвсемразработчик

Тип разработчика одержимого всеми стандартами и методологиями. Стандарты и методологии могут приносить пользу, но если это становится крайностью, то теряется гибкость и вся работа идёт очень медленно.

11.Единорог

В моей компании есть разработчик, которого я обозначаю как "единорог". У него есть всё: великолепные технические навыки, великолепные навыки коммуникации и он всегда готов помочь.

Если есть проблема, он всегда готов решить её. Вы всегда уверены, что если он сказал, то он сделает.

В целом, "единороги" хороши во всём, но, как правило, не задерживаются долго на одной работе, потому что они знают свои возможности, не являются нарциссами и всегда имеют хорошие предложения о работе.

12.Быстрыйразработчик

Они склонны заканчивать всё быстро, но берут новую задачу без 100-процентного закрытия предыдущей.

Они стремятся закончить задачу быстро и сделать свою часть работающей, хотя во многих случаях без тестирования хотя бы чего-нибудь или без применения хороших практик. Они не документируют код либо не следуют документации.

Проблема в работе с ними - после них весь код нужно рефакторить полностью либо много исправлять, чтобы избежать ошибок.

13.Разработчик,которыйвсегдахочетпомочь

Один из моих любимых типов. Обычно они знают всё и знают как это сделать хорошо. Они всегда хотят помочь не будучи заносчивыми и высокомерными.

К сожалению, некоторые из них отвечают на ваши вопросы, как будто вы ребёнок и совершенно не терпят критики, если опровергаете что-то из сказанного ими.

Заключение

В конечном счёте, наиболее важная вещь - найти сбалансированную команду с людьми, с которыми легко работать, кто надёжен и хочет развиваться. Технические знания и опыт приходят со временем, а изменять себя в лучшую сторону намного сложнее.

И хотя в этой статье я поведал личный опыт работы с другими разработчиками, я уверен, что вы сталкивались с множеством других различных типов разработчиков. И я бы хотел, чтобы вы тоже поделились в комментариях своим опытом.

Подробнее..

Медведи, хомяки, человекоподобные. Хомяк или медведь брат человеку с точки зрения биоинформатики?

27.01.2021 18:04:51 | Автор: admin

Чтобы ответить на этот вопрос, в научном исследовании необходимо определиться с целью, задачами и методами, и изучаемыми материалами. Для этого нужно постараться предварительно поставить гипотезу, которая облегчит нам понимание того, чего мы хотим, а следовательно, позволит нам выбирать материалы исследования. В качестве гипотезы можно опираться на ваши знания в области классификации групп животных. Однако, если у Вас нет таких знаний и Вы не хотите страдать в поисках этих знаний в полях, лесах и лабораториях, то Вы можете стать продвинутым пользователем интернета и воспользоваться удобном сайтом lifemap [1], который отображает филогенетическое древо всех животных. Если же вы не продвинутый пользователь, то Вы можете просто воспользоваться википедией. Стоит отметить, что для учёного сайт Lifemap является таким же примитивным, как и википедия, но не бойтесь начать с малого, ведь википедия может послужить толчком к эволюции от простого к сложному. Поэтому пойдёмте эволюционировать на вики вместе. Для этого зайдём в поисковик и посмотрим информацию о нужных нам группах, с которыми в будущем нам предстоит работать, на данном сайте. Первые в списке у нас медвежьи. На странице сайта нам не нужно досконально изучать строение, размножение и образ жизни медведей. Нам нужны три вещи:

1) Раздел научной классификации.

2) Раздел филогенетики.

3) Краткая сводка классификации, которая отображена в верхнем правом углу под картинкой с научной классификацией.

Переходим в раздел научной классификации и смотрим список родов в семействе медведей, предварительно выписав название этого семейства на латыни (Ursidae). Нам понадобятся названия всех родов на латыни, которые есть в семействе. Их лучше также выписать (рис.1).

(рис.1)

После проделанной работы переходим в раздел филогенетики и выбираем кладу с ближайшими живыми родственниками в качестве запасного варианта.

Это нужно сделать на случай, если нужные генетические последовательности медведей из разных родов в генбанке нам найти не удастся (рис.2).

Нам повезло, по альтернативной версии ближайшие родственники это ластоногие. Выпишем название этой группы, выберем семейство и список родов аналогично медведям.

Теперь переходим в раздел краткой сводки научной классификации (рис.3). Находим вкладку отряд хищные и переходим по ней.

(рис.3)

Во вкладке отряда переходим в раздел 4.1. Внешняя систематика. Там необходимо найти надотряд, к которому принадлежат медведи (рис.4). Он указан на филогенетическом древе в виде гиперссылки, нажимаем на неё и переходим в соответствующий раздел.

(рис.4)

В разделе нам нужно узнать отношение приматов к этому надотряду. Для этого мы переходим во вкладку классификация и как не странно мы не обнаруживаем в нём приматов (рис.5) Получается, что медведи по версии википедии вообще не близкие родственники приматов. Может это так и есть, но кто же по версии википедии примату будет братом?

(рис.5)

Для этого проводим аналогичные манипуляции с семейством хомяковые и в конечном итоге попадаем в отряд грызуны. Переходим в раздел систематики и ищем надотряд (рис.6).

(рис.6)

Какое удивление! Мы в надотряде Euarchontoglires обнаружили людей! Чудесно. Ну, а теперь можно поставить гипотезу. Нашей гипотезой будет утверждение, что хомяковые являются братьями людей, а нашей целью подтвердить это утверждение. Для достижения цели нам необходимо поставить следующие задачи:

1) Выбрать генетические последовательности представителей родов изучаемых групп в качестве внутренней группы в базе NCBI [2].

2) Показать на основе выбранных последовательностей, взятых у выбранных групп достоверные родственные связи друг с другом.

3) Выбрать гомологичные последовательности генов групп животных, отделившихся чуть раньше медведей, хомяков и людей в качестве внешней группы в базе NCBI.

4) Выровнять выбранные последовательности правильным методом в зависимости от выбранных последовательностей.

5) Выбрать модель вычисления попарных расстояний и метод построения эволюционного дерева.

Чтобы уже начинать определяться с методами нам нужно выбрать внешнюю группу, а также определиться с генетическими последовательностями. Внешняя группа нам нужна для определения положения корня дерева, так сказать, его основы. В качестве внешней группы обычно используют одну или несколько клад, отпочковавшихся от общего дерева заведомо раньше (но желательно ненамного раньше) анализируемых последовательностей. Поскольку мы изучаем филогенетические отношения между плацентарными млекопитающими, то в качестве внешней группы можно использовать сумчатых млекопитающих [4]. Пусть это будут опоссумы. Я люблю опоссумов. Это котики мира сумчатых, а котиков любят все.

Далее определяем материалы. В качестве необходимых материалов я решил взять рибосомальные гены 18S рРНК у двух представителей разных родов из каждых изучаемых групп. Маркер 18S рРНК используется с конца 70-х годов прошлого столетия и является универсальным для систематических построений. Ген, кодирующий 18S рибосомную РНК, есть в геноме всех известных эукариот и является удобным маркером для их идентификации; он отсутствует у вирусов, бактерий и архей. Ген 18S рРНК содержит как консервативные участки, одинаковые у всех прокариот, так и вариабельные. Консервативные участки служат для первого этапа полимеразной цепной реакции присоединения праймеров к исследуемой ДНК-матрице, вариабельные участки для идентификации видов. Степень сходства видоспецифичных вариабельных участков отражает эволюционное родство разных видов [3].

С материалами более-менее определились, теперь их необходимо скачать в генетической базе данных. Переходим на сайт ген банка и в поисковой строке вбиваем название семейства латинскими буквами и ищем генетические последовательности родов, которые мы записывали ранее. Последовательности должны быть приблизительно равной длины и ни в коем случае не короткие, ибо короткие последовательности несут мало информации, а информация в нашей работе это золото, где филогенетическое древо Зиккурат. А всем мы знаем, что для строительства Зиккурата нужно больше золота. Поэтому для удобства в графе Sequence length выставим необходимую длину последовательностей (1600-2500) и нажмём кнопку Search (рис.7).

На рисунке выше мы видим, что я начал с медведей, к сожалению ген банк выдал мне всего три результата и все одного вида (рис. 8). Ничего страшного, ведь медведя мы всё равно скачаем, а запасной вариант в виде ластоногих у нас имеется и к счастью в генбанке необходимые последовательности по ним есть.

(рис. 8).

Таким образом мы скачиваем все необходимые нам последовательности в формате fasta. Cкаченные последовательности закидываем по одной (или несколько, если Вы скачали всё одним форматом) в программу MEGA 10 для объединения в один формат fasta в будущем (рис.9)

(рис.9)

Итак, в мою выборку исследования попали 8 видов. Я не буду пугать Вас латынью как делаю это обычно, а перечислю всех избранных товарищей по-русски матом. Первые два вида в моём списке будут представлять этакую не существующую в реальном

мире вершину эволюции и как Вы догадались это человекообразные обезьяны человек и горилла. Вторыми по иерархии идут хомяковые водяная полёвка и серый хомячок, третьими замыкающими внутреннюю группу идут медвежьи и настоящие тюлени бурый медведь и длинномордый тюлень соответственно. Представляют внешнюю группу у меня два вида из разных родов опоссумов виргинский и домовой опоссумы. Строить дерево мы будем в тренировочной программе MEGA 10

Теперь нам надо начинать определяться с методами. Первым важным методом будет выравнивание генетических последовательностей. Выравнивание является важным биоинформатическим методом, основанным на размещении двух или более генетических последовательностей позволяющим увидеть сходные участки в этих последовательностях. Их сходство может отображать структурные и эволюционные связи, которые без выравнивания не построить [5]. Выравнивание мы не будем производить в MEGA 10, так как для рибосомальных последовательностей лучше воспользоваться мафтом [6]. Перед этим мы объединим все последовательности в меге в одну и экспортируем в любую папку на рабочем столе в формате fasta (рис.10).

(рис.10)

Сохранённый файл мы загружаем на сервер мафта в браузере (рис. 11) и изменим один стандартный параметр, выбрав тот, который показан на рисунке 12. Далее нажимаем кнопку Submit и получаем результат, который необходимо реформировать в формат fasta, как показано на рисунке 13.

(Рис.11)

(Рис.12)

(Рис.13)

Полученный формат необходимо загрузить обратно в мегу и уже работать в ней. Поздравляю мы это сделали! (рис.14)

(рис.14)

Теперь перед построением уже самого дерева нам необходимо проверить выравнивание трансляцией нуклеотидом в последовательности. Это позволит нам проверить правильность нашего выравнивания. Наличие звёздочек в последовательности, покажет нам наличие в ней антикодонов, что будет означать ошибку. Устранять эту ошибку можно выравнивая последовательности вручную, отодвигая последовательность вправо на один квадрат. К счастью этого делать нам не придётся, ибо у нас всё получилось хорошо (рис.15.)

(Рис.15)

Далее производим установление попарных эволюционных дистанций между анализируемыми последовательностями, представляемых в виде матрицы дистанций. Другими словами, для построения дерева нам требуется эволюционная модель, оптимального метода расчета эволюционных дистанций между последовательностями. В качестве статистического метода я воспользуюсь методом оценки дат дивергенции видов, который разрабатывался с точки зрения концепции молекулярных часов, а именно эволюционной моделью Hasegawa, Kishino и Yano 1985 года.

Данная модель различает скорость различных точечных мутаций и учитывает не равные базовые частоты, которые не учитываются простыми моделями [7]. В меге эту модель можно выбрать сразу при построении дерева в методе максимального правдоподобия, там же заранее выставим проверку в 1000 реплик (так называемый бустрэп анализ). Данный анализ позволяет посмотреть статистическую поддержку ветвей, чем она выше, тем будет лучше. Высокая поддержка большинства ветвей более 70% позволяет сказать, что дерево построено правильно (рис.16). Поддержка ниже 70% для

одной, или двух ветвей не является очень критичной при низкой выборке, но, если мы получим статистическую поддержку всех ветвей ниже 70% это будет говорить об очень плохом результате.

(рис.16)

К сожалению, посмотреть эту модель отдельно инструментал меги не позволяет, но наглядно она бы выглядела примерно таким образом (рис.17).

Рис (17).

Данная модель разрабатывалась для построения деревьев методом максимального правдоподобия, который я по сути и выбрал.

Метод максимального правдоподобия, говоря примитивным языком, позволяет определить неизвестное число параметров на основании известных результатов эксперимента. Скажем, если известно число граней правильного многогранника (т.е. число параметров), то можно определить, чему равны вероятности различных исходов бросков этого многогранника. Так, для шестигранной игральной кости вероятность любого исхода броска будет равна 1/6. Однако если взять за гипотезу, что число граней некой игральной кости нам неизвестно, данный метод позволяет предположить путём многократных повторных экспериментов в виде бросков этой игральной кости, число граней этой кости и определить правдоподобие этого предположения. Так, многократно подбрасывая некую игральную кость с неизвестным числом граней и наблюдая, что число различных исходов бросков кости равно шести, можно сделать предположение, что это кость шестигранная [4]. Именно поэтому этот метод в данном случае я считаю одним из лучших для ответа на заданные мной вопросы.

В качестве дополнительных плюшек мега позволяет воспользоваться функциями уточнения выводимого дерева, что даёт нам возможность вывести исходное дерево для эвристического поиска, который в свою очередь используется для оценки лучшего состояния нашего дерева. Подробно, что такое эвристический поиск можно прочитать в IT сообществе хабр [5]. Итак, в дополнительных параметрах меги меге мы можем выбрать метод максимальной экономии, который является критерием оптимальности, для которого наилучшим считается самое короткое дерево, которое объясняет данные. Этот метод работает по канонам Бритвы Оккама (рис 18). В принципе в дополнительных параметрах можно выбрать ещё кучу всего, но я думаю и этого вполне хватит.

(Рис.18)

Собственно, теперь у нас всё готово, чтобы проверить википедию на подлинность и заодно нашу гипотезу. Строим дерево! (Рис.19) ;(Рис.20)

(Рис.19)

(Рис.20)

Вуаля чувствую себя доктором ВУ, когда дерево строится успешно!

Теперь давайте взглянем, что у нас получилось, а получилось у нас практически всё идеально!

Как Вы сами видите построенное дерево рассказывает нам о том, что грызуны являются более близкими родственниками по отношению к людям и подтверждает нашу гипотезу, несмотря на то, что одна ветвь у нас имеет поддержку ниже 70%, что в принципе не является критичным, так как все остальные ветви имеют статистическую поддержку более 70%. Конечно я допускаю за собой маленькие ошибки в построении дерева, но общая картина была вполне ожидаема и показала всё то, что известно самому капитану очевидности и его капитанше. Действительно хомяк является братом человека, а медведь его дальним родственником, а теперь можно выдохнуть! Всего доброго!

Примечание :

Материал был написан мной 26.01.2021 года и опубликован 27.01.2021 в научно-популярном сообществе фанерозой (http://personeltest.ru/aways/vk.com/phanerozoi).

Источники:

1)http://lifemap.univ-lyon1.fr

2)https://www.ncbi.nlm.nih.gov/nuccore/?term=Phocidae+18S+ribosomal+gene

3) Соловьева В.В. Молекулярно-генетический анализ беспозвоночных животных по нуклеотидной последовательности гена 18S рибосомной РНК: учебное пособие / Соловьева В.В., Моров А.Р., Ризванов А.А., Сабиров Р.М.- Казань: федеральный ун-т, 2011 52 с.

4) Молекулярная эволюция и филогенетический анализ/ В.В. Лукашов М.БИНОМ. Лаборатория знаний, 2009. с.256. с.92-123.

5)Mount DM.Bioinformatics: Sequence and Genome Analysis. 2nd. Cold Spring Harbor Laboratory Press: Cold Spring Harbor, NY., 2004.

6)https://mafft.cbrc.jp/alignment/server/

7) Hasegawa M., Kishino H., and Yano T. (1985). Dating the human-ape split by a molecular clock of mitochondrial DNA.Journal of Molecular Evolution22:160-174.

8) http://personeltest.ru/aways/habr.com/ru/company/mailru/blog/217839/

Подробнее..

Перевод Как отвечать на собеседовании, чтобы побудить нанять вас

28.04.2021 20:06:12 | Автор: admin

На первый взгляд может показаться, что эта статья очередная из ряда "Выворачивайся наизнанку, чтобы тебя взяли!". Но это не так. Её скрытый, истинный смысл в том, чтобы напомнить, что любая работа в сущности искусство, о том, что очень важно любить свои инструменты и свою работу. Быть человеком не ремесла, но именно тончайшего искусства. И даже если вы вообще не собираетесь идти на собеседование, вы можете прочитать статью просто потому, что она может вдохновить вас.


Программисты очень часто терпят неудачу на собеседовании лишь по той причине, что упускают из виду человеческий фактор. Они отлично разбираются в алгоритмах, но на собеседовании не проявляют никаких человеческих чувств ни энтузиазма, ни радости. Они тщательно скрывают свои человеческие качества, поэтому разговоры с ними превращаются в сплошное мучение. Они чувствуют себя крайне неуютно, если им приходится вести элементарную человеческую беседу.

Безотчётное чувство тревоги и ожидание чего-то плохого часто приводят к тому, что программисты приходят на собеседование в заторможенном состоянии. Любой самый невинный вопрос сбивает их с толку. Они ведут себя, как плохие певцы, которым не хватает воздуха уже на первом куплете.

Боязнь прямого общения с незнакомыми людьми не единственная их особенность. У них начисто отсутствует практическая смётка. Когда программисты выходят на собеседование по Zoom с выключенными камерами и отключённым микрофоном, мне остаётся только развести руками. Через десять минут после начала собеседования они внезапно вспоминают, что у них выключен звук и начинают его настраивать. А после того как прошло уже достаточно времени и со звуком вроде бы разобрались, передо мной на экране возникает какая-то тёмная фигура, главное желание которой не вылезать из своей норы.

За последние две недели таких недособеседований было более чем достаточно. В конце каждого из них я украдкой поглядывал на часы и надеялся, что, на худой конец, оборвалась связь. Некоторые кандидаты понятия не имели, что у них написано в резюме, другие, когда я их просил рассказать о себе, не могли связать двух слов. Я понимаю, что собеседования могут проходить довольно нервно, но всему же есть предел. Так, один программист, обращаясь ко мне, назвал своё имя...

Не важно, приглашаете ли вы на собеседование найденных рекрутерами людей, или тех, кого вам порекомендовали добрые знакомые, или же тех, кого вы сами находите в LinkedIn, ход собеседования пугающе часто бывает однообразным и разочаровывающим.

В наше время соискатели уже мало чего ждут от собеседования и идут на него, просто потому что надо, как бывает надо сходить к стоматологу.

Но на этой неделе мне попалось несколько супергероев. Да, это были настоящие технологические "мстители"! Они возродили во мне уверенность и вселили вдохновение. На днях у меня прошло поистине исцеляющее собеседование с одним соискателем.

Начало собеседования не предвещало ничего хорошего. Несмотря на то что это собеседование по всем признакам не должно было отличаться от всех остальных, я всё-таки надеялся на чудо. Не очень-то верилось, что мои молитвы будут услышаны, но я решил проявить силу воли и слушать дальше.

Кстати, за час до собеседования я просмотрел резюме соискателя. В резюме всё было прекрасно, не подкопаешься, но в ходе собеседования мне хотелось поговорить с живым человеком. Меня бы совсем не устроило, если бы он начал просто повторять то, что написано в резюме.

Зарядившись чашкой свежего кофе, я сел за стол и нажал в Zoom кнопку "Присоединиться к разговору". Но, не успел я задать первый вопрос, соискатель меня приятно удивил. Он поблагодарил меня за возможность пройти собеседование и уделённое мною время такую обходительность нечасто встретишь. Используя открытый язык тела, он заглянул в камеру и улыбнулся!

Я увидел перед собой пятилетнего мальчика, которому только что сказали, что он пойдёт в Диснейленд! И сразу понял, что он с нетерпением ждал возможности поговорить на технические темы и рассказать, какой он видит свою будущую работу.

Я был несколько удивлён и попросил его рассказать немного о себе и о предыдущем опыте. Когда он стал рассказывать о себе, он меня совершенно покорил. Я видел, как он счастлив тем, что вообще живёт на этом свете, что он часть технологического сообщества. Так, в рассуждениях о науке он говорил минуты три, затем прервался и спросил, не отклонился ли он от темы собеседования. И теперь ребёнком, которому предстоял поход в Диснейленд, оказался я сам.

Как же это было по-человечески, как же прекрасно! Он влюбил меня в себя с первого взгляда.

Но на этом сюрпризы не закончились, каждый его новый ответ поражал меня всё сильнее. Судите сами: вот как мой новый сотрудник отвечал на каждый вопрос.

Расскажите немного о вашей среде разработки и об используемых вами инструментах

Если и есть что-то, что я записываю во время собеседования, так это ответ на этот вопрос.

Много лет назад об этом секретном вопросе с подвохом мне рассказал один из моих коллег. Ответ на этот простой вопрос даёт очень точное представление о складе психики инженера. Когда разработчики рассказывают о своей среде разработки, сразу чувствуешь, что они любят, а что ненавидят. Это окно в их душу.

Задавая вопросы о рабочем пространстве, вы незаметно проникаете в их сознание. Слушая его описание, вы видите перед собой картину или слепок одного дня из жизни программиста.

Мой соискатель, как настоящий Пикассо, накладывал и накладывал кистью всё новые мазки на эту картину. Это была не просто картина, а автопортрет художника с любимой клавиатурой подмышкой за рабочим столом с монитором, на который во время загрузки системы выводится ASCII-графика. Как же он гордился тем, что он программист! Он демонстрировал мне кинофильм, режиссёром которого был он сам, а я стоял за кулисами и смотрел.

Мне показалось, что он просто купается в философии Unix и во всём, что касается технологии. Его волновало буквально всё от цвета, которым выводится командная строка, до функций выбранного им редактора, он гордился каждой строкой написанного им кода. Он был настоящим художником, и его кистью была технология.

И я сразу стал представлять, как этот человек мог бы работать в команде.

На собеседовании вы, как соискатель, можете применить хитрый приём. Постройте разговор так, как будто встречаетесь с интервьюером в непринуждённой обстановке за чашкой кофе. Если вам это удастся, интервьюер "растает" и перейдёт к тому, чтобы начать спрашивать, почему именно вы подходите на эту должность, и не станет "топить" вас неприятными вопросами.

Как вы обычно развлекаетесь?

Никак!

Примерно в двух из пяти собеседований я получаю такой скучнейший ответ. Сразу после такого ответа мне очень хочется сказать: "Достаточно. Спасибо, что уделили нам время. Мы с вами свяжемся". Фраза фразой, но в этот момент мне хочется швырнуть ноутбук об стену и заблокировать такого умника во всех известных человечеству социальных сетях.

Смысл этого вопроса в том, чтобы ответ на него помог мне найти программиста-разработчика, для которого главным развлечением в жизни является страсть к технологиям. Мне нужен умелец-энтузиаст. Сегодня, как показывает мой опыт, лучшие программисты это те, кто тратит львиную долю своего свободного времени на самосовершенствование.

Специалисты в области разработки получают удовольствие от получения новых знаний. Ощущение, когда после нажатия клавиши ввода на клавиатуре у тебя получается то, что работает как надо, сродни ощущению, когда бросаешь баскетбольный мяч из центра поля и попадаешь им прямо в кольцо! Они кричат, вскидывают руки вверх, машут ими, и в данный момент им совсем не интересно, будет ли работать другой их код, ведь этот заработал! И кульминация всей этой тяжкой работы когда им повезёт и кто-нибудь воспользуется их программой.

Мой соискатель рассказал, что ему нравится общаться с другими людьми по любительской радиосвязи. В свободное время он общается по радио с другими программистами и обсуждает с ними технологическое будущее. Когда я спросил, занимает ли его что-либо, помимо разговоров по радио, он показал мне свой экран и рассказал о созданном им фреймворке JavaScript.

В этот момент я хотел ущипнуть себя. Если соискатель может продемонстрировать свою страсть к технологии, знайте это хороший соискатель. Каждое его слово свидетельствует о понимании, и в его глазах светится страсть!

Для вас как для соискателя такие вопросы дают возможность раскрыться, рассказать о себе не только как о любителе нулей и единиц. Отвечая именно на такой вопрос, вы сможете рассказать, как именно ваше участие может усилить команду. Именно от вас зависит, в какую сторону склонится чаша весов интервьюера. Если вы всё делаете правильно, интервьюер начнёт непроизвольно кивать и это значит, он ваш!

Как вы изучаете новые технологии?

Высококлассные специалисты знают, что учиться никогда не поздно.

Вы ведущий разработчик, и получение новых знаний должно быть источником вашей жизненной энергии. Оттачивая навыки, вы выпьете тонны кофе. Вы первопроходец, проникающий в мир технологий. Вас всё время тянет не только узнавать что-то новое, но и постоянно упражняться, закрепляя новые знания.

Мой новый сотрудник создал фреймворк, чтобы лучше понимать JavaScript. Он был убеждён, что у него недостаточно знаний, чтобы освоить библиотеку React, поэтому засучил рукава и изучил код самостоятельно. В какой-то момент к нему пришло прозрение, посещающее каждого программиста, за своё обучение отвечаешь ты сам.

Если вы ищете способ показать себя с хорошей стороны, убедите специалиста по подбору персонала, что вы гений-самоучка. Покажите ему, что вы очень серьёзно относитесь к предложению и рады представившейся возможности. Нет ничего легче, чем нанимать на работу уже мотивированного человека.

Хорошие специалисты по подбору персонала выше всего ценят инженеров, проявляющих искренний интерес к технологиям. Проявите энтузиазм, и помяните моё слово история вашего собеседования будет передаваться из уст в уста. Энтузиазм важен, так как никто не хочет связываться с программистом, путь и сверхквалифицированным, но пришедшим на собеседование без мотивации. Опытные специалисты по подбору персонала расскажут, что лучше возьмут на работу человека со средними навыками, но проявляющего энтузиазм, чем совершенно равнодушного к работе технического гуру.

Если вы только начинаете учиться и самосовершенствоваться, продемонстрируйте на собеседовании свою страсть, проявите себя человеком. Отбросьте все условности и честно расскажите о себе. Спросите себя, если бы это была ваша собственная компания, кого бы вы хотели нанять в первую очередь?

Нарисуйте схему последней архитектуры, над которой вы работали

В основном люди в резюме пишут о себе правду, но любые приукрашивания могут стоить вам как времени, так и денег.

Обычно я не выведываю у соискателей разницу между публичными и приватными переменными, меня больше интересуют вопросы, из ответов на которые я могу понять, насколько глубоко они разбираются в предмете. Мне интересно, "жили" ли они проектом. Сколько клавиатур они разломали, сражаясь с тикетами Jira, заботил ли их этот проект вообще?

Если ответ соискателя звучит примерно так: "Я делаю то, что мне говорят", я начинаю искать благовидный предлог, чтобы свернуть разговор.

На данном конкретном собеседовании речь зашла об иерархии классов. Соискатель рассказал, что бы он хотел в них улучшить. И, к моему удивлению, он перечислил области, в которых пока плохо разбирался. Мы поговорили о том, чем теоретическое программирование отличается от практического. Он свободно мог рассуждать на эту тему, и я уже понял, что этот человек может работать в большой команде.

Главный совет, который я могу дать программисту, пришедшему на собеседование, будьте человеком. Говорите как человек. Превратите ваше собеседование во встречу умов, а не в тест, который надо пройти. И тогда вы придётесь по душе большинству специалистов по подбору персонала. Если они остановят свой выбор на вас, они не только заполучат в команду высококлассного специалиста, но и смогут прекратить, наконец, поиски и вернуться к повседневной работе.

Иногда достаточно простого разговора по душам, особенно если дать понять, что во всём остальном вы разбираетесь хорошо. Отвечая на вопросы, используйте свой опыт. Расскажите о последнем проекте по интеграции API и вашей роли в нём. Приводите примеры, которые могут представить вас в выгодном свете.

Вот вам одна простая хитрость интервьюеры должны получать именно те ответы, которые хочет услышать. Они могут задавать вопросы о кодировке, но, отвечая на них, помните: в действительности интервьюеры хотят услышать от вас ответ на вопрос, почему компании стоит вас нанять. Задавайте вопросы сами, и тогда вы поймёте, как связать ваш опыт с их требованиями.

Дело не в вас, а в них. Если вы сможете убедить их, что, нанимая вас, они приобретают ценного сотрудника, для них уже будет не так важно, что иногда ваше ПО работает не совсем так, как надо.

Не со всеми тезисами автора можно согласиться, но в чем автор точно прав так это в том, что учиться никогда не поздно. Даже более учиться необходимо на протяжении всего карьерного пути IT-специалиста. Если хочется оставаться востребованным, если хочется создавать новое и получать максимум возможностей. И чтобы обучение не доставляло боль нужно сделать его максимально приятным, как раз этим и занимаемся мы, дополняя наши программы поддержкой опытных менторов, внутренними хакатонами и другими вещами, которые делают обучение интересным. "Поверните ключ", выбрав программу по душе и полетели! :-)

У нас много программ для специалистов со стажем и совсем новичков:

Другие профессии и курсы
Подробнее..

Категории

Последние комментарии

  • Имя: Макс
    24.08.2022 | 11:28
    Я разраб в IT компании, работаю на арбитражную команду. Мы работаем с приламы и сайтами, при работе замечаются постоянные баны и лаги. Пацаны посоветовали сервис по анализу исходного кода,https://app Подробнее..
  • Имя: 9055410337
    20.08.2022 | 17:41
    поможем пишите в телеграм Подробнее..
  • Имя: sabbat
    17.08.2022 | 20:42
    Охренеть.. это просто шикарная статья, феноменально круто. Большое спасибо за разбор! Надеюсь как-нибудь с тобой связаться для обсуждений чего-либо) Подробнее..
  • Имя: Мария
    09.08.2022 | 14:44
    Добрый день. Если обладаете такой информацией, то подскажите, пожалуйста, где можно найти много-много материала по Yggdrasil и его уязвимостях для написания диплома? Благодарю. Подробнее..
© 2006-2024, personeltest.ru